Les postes Fonjep sont financés par le ministère de l'Éducation nationale (DJEPVA et DGCS), le Commissariat général à l’égalité des territoires, le ministère de la Culture, le ministère de l'Europe et des Affaires étrangères, et par les collectivités.
C’est à ces financeurs ou à leurs services déconcentrés que l’association adresse sa demande et c’est à eux que revient in fine la décision d’accorder une subvention pour un poste Fonjep.

Une fois la décision d'attribution de subvention formalisée par les services de l'État, une convention est conclue avec l'association bénéficiaire.  Le Fonjep prend ensuite contact avec l’association pour pouvoir procéder au paiement de la subvention. C’est le Fonjep qui assure, pour le compte de l’État, les contrôles a posteriori des fiches de paie, les relances, les régularisations.

Le Fonjep administre et met à jour les outils utiles à l’attribution de ces subventions. Un outil de gestion en ligne des postes Fonjep est accessible aux acteurs impliqués dans le dispositif : État, collectivités, associations. Une permanence téléphonique est également assurée pour renseigner et guider les associations.