Les postes Fonjep sont financés par le ministère de l'Éducation nationale (DJEPVA et DGCS), le Commissariat général à l’égalité des territoires, le ministère de la Culture, le ministère de l'Europe et des Affaires étrangères, et par les collectivités.
C’est à ces financeurs ou à leurs services déconcentrés que l’association adresse sa demande et c’est à eux que revient in fine la décision d’accorder une subvention pour un poste Fonjep.

Une fois la décision d'attribution de subvention formalisée par les services de l'État, une convention est conclue avec l'association bénéficiaire.  Le Fonjep prend ensuite contact avec l’association pour pouvoir procéder au paiement de la subvention. C’est le Fonjep qui assure, pour le compte de l’Etat, les contrôles a posteriori des fiches de paie, les relances, les régularisations.

Le Fonjep administre et met à jour es outils utiles à l’attribution de ces subventions. Début 2018, un nouvel outil de gestion en ligne des postes Fonjep a été mis en exploitation à l’attention des acteurs impliqués dans le dispositif : État, collectivités, associations. Il offre une meilleure ergonomie et de nouvelles fonctionnalités. Une permanence téléphonique est également assurée en matinée pour renseigner et guider les associations.