De 2017 au début de la pandémie, ce sont les délégués régionaux et suppléants des 16 régions (Métropole, Corse, Guadeloupe, Martinique et Réunion) élus par le Conseil d’administration du Fonjep qui ont permis au territoire de continuer à échanger. Ils ont ainsi durant près de 4 années coanimé les comités régionaux avec leurs homologues des Services déconcentrés de l’État. Dès juin 2020, le Conseil d’administration du Fonjep leur a prolongé de nouveau leur mandat afin de permettre une continuité durant la pandémie. En 2021, ils ont contribué avec les administrateurs du Fonjep, à la coécriture de la feuille de route des délégués régionaux, qui a été adoptée à l’unanimité par le Conseil d’administration du Fonjep. En 2022 se sont tenues les assemblées électives qui ont permis d'élire les 16 délégués régionaux et suppléants.

Les comités régionaux sont partie intégrante du Fonjep. Leur action est précisée dans une feuille de route cadre et dans l’instruction interministérielle du 19 décembre 2017.Véritables échelons locaux du principe de cogestion, ces comités réunissent à la fois les représentants des services de l’État, des collectivités territoriales et des associations adhérentes bénéficiaires d’une aide du Fonjep. Les comités sont représentés au conseil d’administration du Fonjep et sont animés par des délé­gués régionaux élus.

Les comités régionaux n'ont pas de personnalité juridique propre, et sont partie intégrante du Fonjep. Leur composition est le reflet régional du Conseil d'administration national du Fonjep : un comité regroupe au niveau régional des représentants des services de l’État et des collectivités territoriales, et des représentants de toute association bénéficiaire d’une aide du Fonjep. Les comités sont les lieux privilégiés de la mise en œuvre de la charte d'engagements réciproques renouvelée en 2014 par l'État, le Mouvement associatif et les collectivités territoriales et de la charte de cogestion du Fonjep qui en découle. En leur sein, l'Etat et les associations s'engagent à « créer des conditions favorables pour une dynamique de travail collaboratif, à contribuer à la constitution de connaissances et au partage d'analyses sur leurs champs d'intervention, et à être force de proposition de projets et expérimentations à coconstruire entre l'État, les collectivités territoriales et les associations ».