Durant cette décennie, le Fonjep, déjà ancré dans son rôle, entreprend une quête pour évaluer son impact. Différents ministères, en partenariat avec le Fonjep et le sociologue Dominique Bondu, mènent travaux et enquêtes. Leurs conclusions sont éloquentes : L’aide Fonjep ne se contente pas de reconnaitre les projets, elle structure également les activités associatives et stimule la création d’emplois. Ces rapports louent aussi le caractère unique du mode de gestion du Fonjep : rapide et efficient, avec des frais de gestion minimes. 

Les comités régionaux prennent également part à cette démarche. Certains plongent dans des recherches pour mieux aider les jeunes en difficultés en mettant en place des colloques où de nouvelles approches sont discutées. 

A la fin des années 90, le Fonjep élargit son périmètre d’action. Déjà gestionnaire de plus de 5000 postes Fonjep, il orchestre au quotidien les déplacements de plus de 1000 volontaires en Solidarité internationale, garantissant les versements d’aide. Cette période voit également l’émergence du Pajep, étape importante dans la préservation de l’héritage collectif des associations de jeunesse et d’éducation populaire.